Думите „боя се“ и „боязън“ произлизат от общ праславянски и праиндоевропейски корен със значение „страхувам се“, като нямат никаква историческа или етимологична връзка с хомонима „боя“ (вещество за оцветяване), който е от турски произход.
[В български: БАГРА, БАГРЯ, БАГРИЛО; докато ШАРКА и ШАРЯ (с поглед; "цапам" лист хартия с флумастери..) са свързани с оформяне на релеф, пространствена ориентация]. 

Глаголът и съществителното име са дълбоко вкоренени в нашата езикова история и се развиват по строго определени лингвистични закони.
Етимологичен произход. Индоевропейски корен:

Думите се извеждат от праиндоевропейския корен *bheyh₂- (или *bhei-), който означава „страхувам се, уплашен съм“.
Праславянски корен:
В праславянския език този корен преминава в глагола *bojati sę.
Старобългарски език:
В старобългарските паметници глаголът е записан като боꙗти сѧ, а съществителното име – като боꙗзнь.

Морфологично развитие на „боязън“. Съществителното име „боязън“ е класическо старобългарско производно. То е образувано чрез добавяне на стария праславянски суфикс -знь към корена на глагола боя се.
Този суфикс се е използвал за образуване на абстрактни съществителни имена от женски род, обозначаващи състояния или действия (сравни с думи като боле-зън, жи-зън, прия-зън).
През вековете крайната гласна изчезва, а в съвременния български език се появява вмъкнатото „ъ“ за улеснение на изговора (боязн -> боязън).

Сродни думи в други езици. Тъй като коренът е праиндоевропейски, той има паралели в много други езикови семейства:
Санскрит: Глаголът bhбyate („страхува се“) и съществителното bhīti- („страх“).
Литовски: Глаголът bнjotis („боя се“).
Други славянски езици: руски (бояться / боязнь), полски (bać się), чешки (b.t se).

В германските и скандинавските езици има остатъци от същия праиндоевропейски корен *bheyh₂- („страхувам се“, „треперя“), но техните значения са се променили семантично през вековете и днес не се използват като основни думи за „страх“.
В германското езиково семейство (където влизат немски, английски и скандинавските езици) този корен се развива по много специфичен начин.

Скандинавските езици (северногермански).
В скандинавските езици коренът е оцелял в думи, които свързват първичното физическо усещане за страх (треперене, предчувствие) с предсказването на нещо лошо:
Старонорвежки (Old Norse): В него е съществувал глаголът bīan със значение „предчувствам лошото“, „безпокоя се“.
Норвежки: В някои диалекти е запазена старата дума bjе, която означава „треперя“, „предупреждавам за опасност“ или „предсказвам нещо лошо“.
Фарьорски език: Има думата bнggja, която означава „вестя, предвещавам“ (отново свързано с лош знак или заплаха).

Защо в съвременния немски и английски няма директно „боя се“ от този корен?Германските племена в процеса на своето отделяне са заменили този индоевропейски корен за „страх“ с други думи. Основните думи, които те използват днес, идват от съвсем различни корени.

Немската дума Angst (и английската anxiety): Произлизат от индоевропейския корен *h₂emg̑ʰ-, който първоначално е означавал „тесен, притиснат, удушавам“ (оттам и усещането за стягане в гърдите при уплаха).

Немската дума Furcht (и английската fear): Произлизат от корена *per- / *preK-, който е означавал „преминавам, опитвам, рискувам“ (т.е. страхът от опасностите при преминаване през непознати земи).

Накратко: коренът на българската дума „боязън“ съществува в Скандинавието, но вместо чистото значение „страх“, там той е еволюирал в посока „треперене от лошо предчувствие“.

Когато праиндоевропейският корен *bheyh₂- преминава в общия праиндоирански праезик, той се трансформира в корена *bhayH- / *bhiH-. От него се развиват думите в двете основни разклонения:

1. Индийски (индоарийски) езици.
В Древна Индия този корен се запазва в класическия санкскрит и в свещения ведически език в почти чист вид. Оттам той преминава директно в съвременните индийски езици:
Санскрит: Глаголът за „боя се“ е बिभेति (bibheti). В съвременния език основната дума за „страх“ е भय (bhaya).
Хинди: Съвременната дума за „страх“ е директен наследник на санскритската – भय (bhay), а глаголът за страхувам се е भयानक (bhayānak – страшен).
Сродни думи: От същия корен в санскрит е образувана думата भीम (bhīma), която означава „страшен“, „ужасен“ (това е и името на легендарния силен войн Бхима от епоса Махабхарата), както и думата भीषण (bhīṣaṇa – зловещ).

2. Ирански езици. В иранската група (която е най-близкият исторически „братовчед“ на индийската) коренът се развива по паралелен начин:
Авестийски език (староирански): В свещения език на зороастризма коренът се появява като глагола biiaite / baye- със значение „боя се“. Думата за „страх“ е записвана като baya.
Хотаносакски език (изчезнал източноирански): Думата за страх е biyā-.
Осетински език (кавказки ирански): Думата за уплаха и страх е тжрс (tжrs-), но в някои стари форми се откриват остатъци от по-стария корен.

Ако сравним старобългарската дума „боязн-ь“ със санскритската форма bhiyasa- (която означава „от страх“ или „плахост“), ще забележим поразително сходство в коренната структура на думите. Това доказва колко близо са останали балто-славянските и индо-иранските езици в рамките на т.нар. Satem група на индоевропейското семейство.

В съвременния кюрдски език коренът е претърпял силни звукови промени (фонетична ерозия).Основната дума за страх на кюрдски (диалект курманджи) е bоm (бим) или съчетанието tirs и bоm.
Думата bоm означава „ужас, страх, боязън“ и е директен братовчед на нашенската „боязън“ и на санскритската bbhīma.

В ежедневната реч кюрдите по-често използват другата дума – tirs (глагол: tirsоn – страхувам се), която има различен ирански произход. Но старата, поетична и силна дума за страх и предчувствие остава bоm.