Съвременните анализи на древна и съвременна ДНК разкриват, че произходът на индианските народи Мая е резултат от сложни миграционни вълни, започнали преди хилядолетия, съчетани с изключителна вътрешна генетична приемственост.

Генетичните изследвания (включително мащабни проучвания на екипи от Harvard Medical School и института „Макс Планк“) пренаписват историята на Мезоамерика чрез следните ключови разкрития:

1. Изненадващ южен произход и връзка с царевицата.
Противно на по-старите теории, че предците на маите са се развили изолирано само в Южно Мексико и Гватемала, ДНК анализите доказват мащабна миграция от юг преди около 5600 години.

Връзката с Чибчанските народи: Древните ДНК профили показват, че най-големият генетичен компонент на маите е дълбоко свързан с коренното население, говорещо чибчански езици, което обитава днешна Коста Рика, Панама и Колумбия.Генетика и земеделие:
Тази миграция съвпада точно с археологическите доказателства за навлизането на напълно култивираната царевица, лютите чушки и маниоката от Южна в Централна Америка.
Предците на маите буквално са донесли (или придружавали) интензивното земеделие със себе си.

2. Хилядолетна генетична приемственост.
Изследванията на ДНК от останки в емблематични градове като Чичен Ица (Юкатан) и Копан (Хондурас) доказват, че днешните маи са директни генетични потомци на създателите на древната цивилизация.
Въпреки колапса на класическия период на маите (около 900 г. сл. Хр.) и последвалата испанска конквиста, местното население не е било заменено от други народи.
Налице е биологична приемственост, обхващаща над 4000 години.

3. Специфични генетични маркери (Хаплогрупи).
При анализа на съвременните маи се наблюдава изключително висок процент на специфични за коренното американско население линии:

Майчина линия (митохондриална ДНК):
При изследвания в Гватемала и Мексико се открива, че близо 100% от майчината ДНК на маите принадлежи към класическите коренни американски хаплогрупи, като доминираща е A2 (около 75%), следвана от B2 и C1.

Бащина линия (Y-хромозома): Над 94% от бащините линии при традиционните общности принадлежат към оригиналната индианска хаплогрупа Q (специфично Q-M3), която ги свързва с първите хора, прекосили Беринговия проток от Сибир и Алтай преди повече от 15 000 години.

4. Взаимодействия в Мезоамерика.
ДНК от класическия период показва, че регионът на маите не е бил изолиран.
По време на разцвета на цивилизацията им се наблюдава генетичен приток от планините на Централно Мексико (предци, свързани с културите в Оахака и Mixe-Zapotec).

Това доказва силни търговски, политически и миграционни връзки между маите и останалите големи мезоамерикански култури.

5. Колониалният отпечатък и имунитетътСравнението между древната ДНК и съвременните маи показва сериозни промени в HLA комплекса (гените, отговорни за имунната система).
Смъртоносните епидемии, донесени от европейците през XVI век (като едра шарка и морбили), са подложили населението на жесток естествен подбор.

Оцелели са само индивиди със специфични имунни маркери, което е променило генетичната структура на имунитета на днешните маи спрямо техните предци.

6. Общият прародител:
Кои са Древните северни сибирци (ANS)?
Генетичните изследвания на древна ДНК (aDNA) показват, че коренните американци и съвременните народи на Средна и Североизточна Азия споделят общ корен, който се проследява до два основни източника:
Древни северни сибирци (Ancient North Siberians - ANS): Популация, живяла в Сибир преди около 38 000 години (намерени останки при Янската стоянка).
Древни източноазиатци: Популация, отделила се от Югоизточна Азия и придвижила се на север.
Смесването: Преди около 20 000 – 25 000 години тези две групи се смесват в района на Сибир/Алтай. Това ражда линията на Древните палеосибирци, които са преките предци на коренните американци.

7. Точката на разделение: Беринговия мост (Берингия).
Хронология: По време на Последния ледников максимум (преди 23 000 – 19 000 години) нивата на океана падат и се оформя сухопътен мост между Сибир и Аляска.
Берингово изолиране: Предците на индианците остават изолирани в Берингия за няколко хиляди години. Този период на изолация генетично разграничава коренните американци от останалите азиатски народи, създавайки уникални за тях генетични маркери.
Миграцията: Преди около 15 000 - 16 000 години, с топенето на ледниците, те преминават на юг в Америка.

8. Конкретни генетични маркери (Хаплогрупи).
Връзката между Мезоамерика (маи, ацтеки) и Централна Азия (народите от Алтай, Саянските планини и Тува) се доказва чрез проследяване на ДНК линиите:

Y-хромозома (мъжка линия): Над 90% от коренните американци (включително в Мезоамерика) принадлежат към Хаплогрупа Q (по-конкретно Q-M3).Тази хаплогрупа произлиза от Централна Азия.
Най-близките генетични „братовчеди“ на мезоамериканците по мъжка линия днес живеят в Алтай (Кет, Селкуп, Тувинци), където честотата на хаплогрупа Q също е изключително висока.

Митохондриална ДНК (женска линия):
Коренните американци носят четири основни майчини хаплогрупи: A, B, C и D.Всички те се срещат в Южен Сибир и Централна Азия. Например, хаплогрупа B2 (изключително честа при маите) има дълбоки корени в Източна и Централна Азия.

9. Връзката с конкретни съвременни народи.
Ако сравним ДНК на коренното население на Мезоамерика със съвременните азиатски народи, най-висок процент споделен генетичен компонент се открива при:
Алтайци (регионът, където се събират Русия, Монголия, Китай и Казахстан)Хакаси и Тувинци (Южен Сибир) Буряти и Монголци.

Важно е да се отбележи, че днешните народи в самата Средна Азия (казахи, киргизи, узбеки) са претърпели масивно допълнително смесване с по-късни европеидни и тюркски вълни през средновековието, поради което при тях тази древна връзка е по-размита, отколкото при изолираните сибирски народи в Алтай.

то и традиционните им облекла и шарки са подобни.